Він забезпечує етап формування і дозрівання всіх секретується клітиною продуктів, зокрема ферментів лізосом, білків, глікопротеїдів клітинної мембрани. Секреторні бульбашки постійно відокремлюються від апарату Гольджі, транспортуються до клітинної мембрани і зливаються з нею, а що містяться в бульбашках речовини виводяться з клітини в процесі екзоцитозу.

Лізосоми - це відокремлені від апарату Гольджі у вигляді мішечків ділянки, що містять велику кількість (понад 50) різних кислих гідролаз. Основною функцією лізосом є переварювання що надходять у клітку білків, нуклеїнових кислот, вуглеводів, жирів, фагоцитованих бактерій і клітин, гранул глікогену. Це внутрішньоклітинна травна система. Відокремилася від апарату Гольджі Лізосома називається первинною, вона переміщається до бульбашок, що утворився в результаті Піно фагоцитозу, і виливає свій вміст в пляшечку - утворюється вторинна Лізосома, в якій відбувається розщеплення містяться всередині неї речовин. Продукти розщеплення надходять із вторинної лізосоми в гіалоплазму і використовуються для живлення та віджети клітини. Залишки вторинних лізосом виділяються клітиною в процесі екзоцитозу. Лізосоми містять лізоцим, що розчиняють мембрану фагоцитованих бактеріальних клітин; лактоферин, що зв'язує залізо, необхідне для підтримки росту бактерій, і тим самим пригнічує їх розмноження. Кисла середу лізосом (рН близько 5) гальмує обмін речовин бактерій і прискорює їх загибель. Якщо мембрану лізосом ушкоджують ультразвук, вільні радикали: супероксидних радикал O2, перекис водню H2О2. то ферменти лізосом можуть розщеплювати клітинну мембрану. Кортизол захищає мембрану лізосом. Лізосоми забезпечують регресію фізіологічно збільшеної маси тканини: наприклад, матки після пологів, молочних залоз після лактації.

Пероксисома - різновид лізосом, що містять головним чином ферменти, що каталізують освіту і розкладання перекису водню - одного з найважливіших окислювачів в організмі. Перекис водню утворюється під впливом оксидаз, а розщеплюється під дією пероксидаз або каталази.

Мітохондрії називають енергетичними станціями клітин, тому що в них виробляється (звільняється) основна кількість енергії з надходять в організм поживних речовин. Вони виконують ряд інших функцій: наприклад, беруть участь у синтезі фосфоліпідів, жирних кислот. Мітохондрії являють собою округлі, овальні або видовжені освіти з подвійною мембраною - зовнішньої і внутрішньої, кожна з яких складається з бішару липидно-білкових молекул. Внутрішня мембрана має вирости (Крісті), звернені всередину Мітохондрії, вміст останньої називають матриксом. У Крісті і внутрішній мембрані мітохондрій містяться дихальні ферменти - переносники електронів, у матриксі - ферменти циклу Кребса. У результаті реакцій обох ферментних систем поживні речовини окислюються до кінцевих продуктів - води і вуглекислого газу із звільненням аміаку і виділенням енергії; енергія використовується для синтезу АТФ. Молекули АТФ дифундують в гіалоплазму і використовуються клітиною для виконання всіх її функцій.

Число мітохондрій в клітині вельми варіабельно - від 20 до 5-105, воно може змінюватися в кожній клітині і визначається її потребами.